禽流感病毒抗原性變異的頻率很高，且主要以兩種方式進行：抗原漂移和抗原轉變。抗原漂移可引起HA和/或NA的次要抗原變化，而抗原轉變可引起HA和/或NA的主要抗原變化。

(1)抗原漂移：抗原性漂移是由編碼HA和/或NA蛋白的基因發生點突變引起的，是在免疫群體中篩選變異體的反應，它可引起致病性更強病毒的出現。

(2)抗原轉變：抗原性轉變是當細胞感染兩種不同禽流感病毒時，病毒基因組的片段特性允許發生片段重組，從而引起突變。它有可能產生256種遺傳學上不同的毒力各異的子代病毒。