有機肥包括除化肥以外一切可做肥料的物質，通常以人畜糞尿，作物秸稈、綠肥為主。有機肥料養分全面，肥效持久均衡，既能改善土壤結構，培肥改土，促進土壤養分的釋放，又能供應作物養分，特別是對發展有機農業、綠色農業和無公害農業有著重要意義。但是有機肥料種類很多，功能不一，在秋種時節施用有機肥料也要講究科學，切忌盲目施肥。在施用上應注意以下幾點：
一、有機肥所含養分不是萬能的。有機肥料所含養分種類較多，與養分單一的化肥相比是優點，但是它所含養分并不平衡，不能滿足作物高產優質的需要。在施用有機肥時應根據作物對養分的要求配施化肥，即使生產綠色食品的農田也要配施礦物肥料，并在作物生長期間配施各種葉面肥。正如世上沒有包治百病的萬能靈藥一樣，也不存在萬能的有機肥料。
二、有機肥分解較慢，肥效較遲。有機肥雖然營養元素含量全，但含量較低，且在土壤中分解較慢，在有機肥用量不是很大的情況下，很難滿足農作物對營養元素的需要。而化肥營養元素的含量高，肥效迅速，可根據農作物需要量的多少，進行針對性的補充，但肥效短。有機肥與化肥配合施用，二者取長補短，發揮各自的優勢，即可滿足農作物對各種營養元素在數量和時間上的需要。為了獲得高產應追施一定數量化肥，做到遲速結合。
三、有機肥需經過發酵處理。許多有機肥料帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥料中有不利于作物生長的有機化合物，所以均應經過堆漚發酵、加工處理后才能施用，生糞不能下地。
四、有機肥的使用禁忌。腐熟的有機肥不宜與堿性肥料混用，若與堿性肥料混合，會造成氨的揮發，降低有機肥養分含量。有機肥含有較多的有機物，不宜與硝態氨肥混用。