反轉錄病毒的DNA插入宿主細胞染色體時，在5’LTR的U3左端和3’端LTR的U5右端各丟失2 bp，而在宿主染色體插入位點上生成4～6 bp的重復序列。反轉錄病毒的DNA基因組整合在宿主染色體上的位點是隨機的。每個受感染的細胞一般有1～10份前病毒拷貝。反轉錄病毒DNA的整合是復制病毒RNA的必經階段。只有當受感染細胞處于細胞分裂期間，反轉錄病毒DNA基因組才能接觸到宿主細胞的遺傳物質。因此，反轉錄病毒只能在分裂中的細胞內復制。
    LTR對病毒DNA整合進宿主細胞基因組和控制病毒RNA合成均有重要作用。同時，它具有真核生物基因表達時所需的基本功能，例如，啟動作用、起始作用和轉錄物的多聚腺嘌呤加尾作用等。LTR的DNA序列已經測定，不同種的病毒的LTR長度不同，變動范圍在250～1 400 bp之間，LTR的長度變化主要取決于U3的長度，它的變動范圍在170—1 260bp之間。在LTR的兩端各有一個反向重復序列。所有LTR的兩端都是以TG...CA和AC…GT為標志。在未整合進宿主細胞基因組中的LTR的兩端還各有兩個堿基對，即AATG…CATT和TTAC…GTAA，這兩個堿基對在LTR整合進宿主細胞基因組時會丟失。LTR在U3區內有同"TATAA"框十分相似的序列。TATTA框是真核生物中使用RNA多聚酶Ⅱ的轉錄單位所特有的序列。真核類基因轉錄時大部分用RNA多聚酶Ⅱ，TATAA框就是這類酶的接觸位點。所以LTR很可能利用宿主細胞的RNA多聚酶Ⅱ來啟動基因的轉錄。LTR的R—U5分界線上游20bp處還有AAG TAAA序列，這是真核生物都有的腺嘌呤核苷酸聚合作用的信號。在U5區內，距離R區10~25 bp處有TTGT或類似序列，這是病毒RNA合成的終止信號，這對終止病毒RNA的合成可能起重要作用。在U3—R分界線處還常有一個反向重復序列，這對終止病毒RNA的合成可能也有重要作用。除此之外，左邊LTR的U3區啟動子負責啟動前病毒的轉錄，右邊LTR的U3區啟動子有時能啟動位于前病毒插入位點下游的宿主DNA序列的轉錄，不過這種情況很少發生。LTR中還有增強子序列，可以增強病毒RNA的轉錄能力，或對前病毒DNA兩側的宿主DNA的轉錄活性起調控作用。
    LTR序列比較分析的結果表明，同種病毒株的LTR核苷酸序列相同或相似，不同種病毒的LTR序列可以各不相同。但各種病毒株的LTR都有同源的核苷酸序列。主要如上面提到的那些序列，這對完成病毒的生命周期是不可缺少的。當病毒DNA整合在生殖細胞的基因組中時，就成為宿主的“內源前病毒”而傳給子代。一般情況下，內源前病毒是不表達的，除非有其他因子的作用才會被激活而表達，如感染了另一種病毒等。