20世紀(jì)60年代和70年代，科學(xué)家們一直致力于研究測(cè)定核酸序列的方法。最初使用的方法只能測(cè)定核糖核酸(ribonucleic acid，簡(jiǎn)稱RNA)，主要是轉(zhuǎn)移核糖核酸(transfer-RNA，簡(jiǎn)稱tRNA)。tRNA分子的序列比較容易測(cè)定，一則因?yàn)樗逆溳^短，通常只有74-95個(gè)核甘酸(nucleotide)，二則有可能分離單個(gè)tRNA分子，盡管有時(shí)也不很容易。
而脫氧核糖核酸(deoxynucleic acid，簡(jiǎn)稱DNA)的情況卻大相徑庭。人染色體(chromosomal)DNA分子約含5千5百萬(wàn)到2億5千萬(wàn)個(gè)堿基對(duì)(basepairs，簡(jiǎn)稱bp)，遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于RNA分子。測(cè)定一個(gè)染色體DNA分子的全部核苷酸序列是一項(xiàng)艱巨的工作。即使可以將其分割成較小的片段，如何純化也是一個(gè)問(wèn)題。一次實(shí)驗(yàn)中可以測(cè)定的最長(zhǎng)片段約為500bp。由此推斷，要測(cè)定人類染色體DNA分子的全序列，就得將其分割成50萬(wàn)個(gè)片段。顯然，如何把某個(gè)片段從這50萬(wàn)個(gè)片段中分離出來(lái)，成了DNA序列測(cè)定問(wèn)題的關(guān)鍵。
基因克隆(gene cloning)和多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction，簡(jiǎn)稱PCR)技術(shù)為DNA全序列測(cè)定帶來(lái)了福音。利用以上方法，從染色體中分離特定DNA片段的難題迎刃而解，快速高效的測(cè)序技術(shù)因此而產(chǎn)生。1977年，兩種基于鏈終止和化學(xué)降解的DNA測(cè)序法研究成功。這項(xiàng)技術(shù)略經(jīng)改善后，很快就被推廣到世界各國(guó)的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室，成為80年代和90年代序列測(cè)定革命的基礎(chǔ)，生物信息學(xué)(bioinformatics)也應(yīng)運(yùn)而生。