基因定位的連鎖分析是根據基因在染色體上呈直線排列，不同基因相互連鎖成連鎖群的原理，即應用被定位的基因與同一染色體上另一基因或遺傳標記相連鎖的特點進行定位。生殖細胞在減數分裂時發生交換，一對同源染色體上存在著兩個相鄰的基因座位，距離較遠，發生交換的機會較多，則出現基因重組；若兩者較近，重組機會較少。重組DNA和分子克隆技術的出現，發現了許多遺傳標記——多態位點，利用某個擬定位的基因是否與某個遺傳存在連鎖關系，以及連鎖的緊密程度就能將該基因定位到染色體的一定部位，使經典連鎖方法獲得新的廣闊用途，成為人類基因定位的重要手段。
染色體上兩個位點從親代傳給子代時，若相距1cM，就有1%的重組機會。整個人類基因組含3.2×109bp，相應約有3300cM，每個染色體平均約有150cM，1cM約為1000kb。因此，一個致病基因和標記位點緊密連鎖，二者不須在同一條染色體的同一區段，一條染色體可以產生大量的DNA多態，只要提供足夠的家系，按孟德爾方式遺傳的疾病都可將其基因定位。
