甜瓜病毒病發病癥狀，往往先局部發病，葉片受害，表現葉脈褪綠，一般嫩葉先表現癥狀，有時在頂端的葉片上出現多個向正面凸起的深綠色病斑，葉片皺縮，卷曲、葉色深淺不一，呈斑駁花葉癥。果實受害，先在瓜表面出現許多近圓形或不規則水漬狀小斑點，后病斑變成淺褐色，斑點處凹陷，削去瓜皮可見與斑點對應處的瓜肉木質化，呈褐色壞死狀，整個瓜僵硬，失去食用價值。

解除甜瓜激素中毒可及時噴施3000倍液天然蕓薹素內酯—碩豐481或細胞分裂2-3次，能夠緩解激素中毒造成的危害。

防治甜瓜病毒病主要應從源頭上控制發病。夏季應選抗熱和抗病毒的甜瓜品種。在大棚通風口覆蓋防蟲網，防止傳毒昆蟲進入。藥劑防治可用50%氯溴異氰尿酸可溶性粉劑或20%病毒A嗎啉胍·乙酸銅可濕性粉劑500倍液噴霧或克毒保(烯.羧.嗎啉胍)1000倍液上噴下灌，并注意輪換用藥。