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管理體系運行是一項理論性與實踐性均較強的過程，不能強調實踐性而忽視理論性，也不能強調理論性而忽視實踐性，實驗室應研究管理運行的規律，增強管理運行的投入，實現管理體系的穩定運行。
（1）需做好“三部曲”。實驗室應建立、實施和保持管理體系，建立，從無到有的過程；實施，用實際行動去開展和落實；保持，維持運行狀態使其不消失或減弱。實驗室應注意：不只是建立管理體系，還應實施管理體系，不只是實施還應保持其運行狀態，建立、實施和保持是管理體系的完整過程，不能只有其一，沒有其二。
（2）需清楚“目的性”。建立、實施和保持管理體系是確保實驗室活動結果的質量，管理體系運行是手段而非目的，實驗室應處理好手段與目的的關系，不可本末倒置。所以，管理體系在運行過程中不宜死板教條地采用“分解”動作，而應在充分理解的基礎上，采用“連貫”動作，從而提升管理運行的成效。
（3）需擁有“明白人”。管理體系能否達到預期結果，最高管理者的作用不可替代。最高管理者不同于普通員工，其態度會影響組織的態度，應基于對社會、客戶、員工負責的態度，更是為自身著想，推進管理體系實施，就像成功的組織都有一個有遠見的“帶頭人”，實驗室也應有一個有耐心的“明白人”。
（4）需保持“持續性”。管理體系運行最終仍需所有員工的積極參與，理解掌握管理體系有難度，但并非掌握不了。實際上，管理體系適用于所有人員，但每個人員并不運行所有要素，每個人只需熟悉相關的，掌握自己的，掌握自己的是關鍵，經過持之以恒、不懈努力，終會打開規范運行的大門。
