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非磷酸化是測該蛋白的含量，不能知道其活性狀態，抗體磷酸化是測該蛋白的磷酸化水平如何，側重于了解該蛋白的一種活性狀態。很多信號通路的蛋白在受到某些刺激后都是通過改變其磷酸化水平的改變而引起細胞的一系列反應，其蛋白含量并不見得會有多大的變化。
首先要說明的就是檢測的蛋白質在你檢測的組織或者細胞中是表達的,根據該蛋白質的功能狀態（磷酸化還是非磷酸化）的需要,調控該蛋白質活性的酶（即蛋白磷酸酶（去磷酸化）或蛋白激酶（磷酸化））對其進行調空,因此當細胞受到刺激時,通過信號級聯通路可能會增強目的蛋白的磷酸化水平或者磷酸化水平減弱,所以:
1.磷酸化抗體主要是針對磷酸化位點制備的,檢測該蛋白在細胞受到刺激時該蛋白的變化情況（磷酸化水平增強還是減弱）;
2.非磷酸化抗體（主要針對非磷酸化位點的肽段制備的）主要檢測組織或細胞中該蛋白的表達情況,組織分布或細胞中定位,同時可以作為磷酸化水平變化的內參等.
區別在于：
1.磷酸化抗體的檢測的是出于活性狀態（磷酸化）的蛋白
2.磷酸化抗體只針對磷酸化位點設計，是一種位點特異性的多抗，這到有些單抗的特性。
3.普通抗體的合成（多抗）：原核表達蛋白->純化->免疫動物->收獲抗體
4.磷酸化抗體合成：人工合成含磷酸化位點的多肽->人工體外磷酸化->鏈接半抗原->免疫動物->收獲抗體
5.磷酸化的蛋白很大部分是轉錄相關因子。因此使用磷酸化抗體和普通抗體 檢測同一個蛋白，原位檢測可能具有不同的細胞定位。轉錄因子磷酸化后由細胞質進入細胞核。
6.一般而言，磷酸化蛋白的實驗結果與分子功能更直接相關。
7.也就是說，能使用磷酸化的更好。很多時候是同時使用。
